内异症的治疗遵循个体化原则，基于年龄、生育要求、症状、既往治疗史以及内异症病变部位制定不同的治疗方案，总体的治疗目标为减灭和消除病灶，减轻和消除疼痛，改善和促进生育，减少和避免复发。
治疗方法可分为手术治疗、药物治疗、及辅助治疗（如辅助生殖技术治疗）等
1、 手术治疗：
1） 若内异症引起慢性盆腔疼痛合并附件包块≥4cm、DIE引起慢性盆腔疼痛药物治疗无效、附件包括持续存在直径≥4cm、囊肿引起相关并发症（囊肿破裂、扭转、感染、怀疑恶变）均建议手术治疗，首选腹腔镜手术。
对于有生育需求的患者，可行保守性手术，尽量切除肉眼可见的病灶、剔除卵巢子宫内膜异位囊肿以及分离粘连。保守性手术后需辅助药物治疗预防复发。
对于年龄较大、无生育要求、症状重或者复发后经保守性手术或药物治疗无效者，可考虑切除全子宫、双附件及肉眼可见内异症病灶。年龄较轻希望保留卵巢内分泌功能者可保留卵巢
2） 不孕：若内异症合并不孕患者排除其他不孕因素（如卵巢储备能力下降、丈夫因素、生殖道继续等）、首选腹腔镜/宫腹腔镜手术，通过手术评估内异症的类型、分期及EFI评分，可评估内异症病变的严重程度并评估不孕的预后。
对于年轻、轻中度内异症、EFI评分高者，术后可期待自然妊娠6个月。
对于EFI评分低、有高危因素者（年龄在35岁以上、不孕年限超过3年，尤其是原发性不孕者；重度内异症、盆腔粘连、病灶切除不彻底者；输卵管不通者），应积极行辅助生殖技术助孕。助孕前应使用GnRH-a预处理，通常应用3～6个月。
若为复发型内异症或卵巢储备功能下降者，建议首选辅助生殖技术治疗
3）侵犯其它器官的深部内异灶（DIE）：当DIE侵犯肠道、输尿管等器官致梗阻或功能障碍且药物治疗无效时建议手术。肠道内异症手术方式的选择应根据肠管病灶的分布、范围、数量和浸润程度来决定，有腹腔镜下肠道表面病灶切除术、肠道病灶碟形切除术、节段性肠管切除后肠吻合术。对于膀胱子宫内膜异位症可行腹腔镜下膀胱部分切除术，明确输尿管梗阻引起肾功能异常的输尿管内异症手术方式可选腹腔镜下/开腹输尿管黏连松解术或输尿管端端吻合术及输尿管膀胱吻合术。
4）瘢痕内异症（腹壁切口及会阴切口）：手术切除病灶为主要的治疗方法。也可考虑海扶手术对局部病灶进行消融。
二、药物治疗：药物治疗的目的为抑制卵巢功能，阻止内异症的发展，减少内异症病灶的活性，减少粘连的形成。主要分为以下几类：
1）非甾体类抗炎药（NSAID）：例如散利痛、布洛芬胶囊等，对于有慢性盆腔疼痛者有缓解疼痛的效果，副作用主要为胃肠道反应，长期口服有消化道溃疡的风险。
3） 口服复发短效口服避孕药：最常见的药物有达英-35、优思明、优思悦、妈富隆等。避孕药可抑制排卵、保护卵巢功能，一般连续或周期用药，持续6个月及以上。可做为年轻患者药物治疗首选的一线用药或术后辅助用药预防复发。副作用一般较少，但40岁以上或合并高危因素者需警惕血栓风险。
4） 高效孕激素：合成的高效孕激素可引起子宫内膜蜕膜样改变，最终导致子宫内膜萎缩，同时，可负反馈抑制下丘脑-垂体-卵巢轴从而缩小病灶预防复发，一般连续用药六个月。主要副作用是突破性出血、乳房胀痛、体质量增加、消化道症状及肝功能异常。
5） 雄激素衍生物：孕三烯酮，2.5 mg，2～3次／周，共6个月。主要副作用为毛发增多、情绪改变、声音变粗、肝功能损害及体质量增加等。
6） 促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）：依不同的制剂有皮下注射或肌内注射，每28天1次，共用3～6个月或更长时间。主要下调垂体功能，造成暂时性药物去势及体内低雌激素状态，俗称“假绝经”，故主要副作用为引起围绝经期综合症：如潮热、阴道干燥、性欲下降、失眠及抑郁等。长期应用则有骨质丢失的可能。治疗期间若因副作用而难以耐受用药，可少量反向添加雌激素或孕激素，将体内雌激素的水平维持在不刺激异位内膜生长而又不引起围绝经期症状及骨质丢失的范围。
7） LNG-IUS（缓慢释放左炔诺孕酮的宫内节育器）：曼月乐，局部缓慢释放孕激素起到负反馈抑制下丘脑-垂体-卵巢轴，从而达到缓解及预防复发的效果。一般曼月乐环有效期为5年，建议保守手术后无生育要求者、内异症合并子宫肌腺症者放置预防内异症复发。
8） 芳香酶抑制剂、促性腺激素释放激素拮抗剂及选择性PR调节剂（selective progesterone receptor modulator, SPRM）都是值得进一步进行研究的内异症治疗新药。
9） 中药治疗：对内异症引起的盆腔疼痛有辅助治疗作用。