卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位在卵巢上的表现，如果不处理就会破坏卵巢功能，所以尽早手术可以减少病灶对卵巢功能的进一步伤害。但不少患者在手术后容易复发，有些文献报道一年后的复发率高达到60%。手术本身也会伤害卵巢功能，巧克力囊肿如果复发又要手术，反复手术对卵巢功能伤害又会加大，有些患者多次手术后出现了卵巢早衰而闭经。因此首次手术非常重要，手术既要完全清除病灶又要尽量减少手术对卵巢的伤害，要做到这一点，手术者必须很好理解巧克力囊肿发生机理，寻找出病灶开始种植部位（与盆壁粘连处），切除种植部病灶后再剥除囊肿壁，就可以达到清理干净的目的，术者应具备熟练的手术技巧及足够的耐心。如果合并有盆腔病灶也应该同时清除掉。如果感觉没有清除干净，在术后应该用药控制复发。本人追踪所做的巧克力囊肿手术多年未见复发者，初次手术者没有发生卵巢早衰。