子宫内膜异位症临床病理分型主要有四型，除了腹膜型，主要表现盆腔腹膜的红色病变（早期病变）、蓝色病变（典型病变）、白色病变（陈旧病变）；还有其他部位如消化、泌尿、呼吸系统以及远处少见的子宫内膜异位症，，本文主要介绍卵巢子宫内膜异位症及深部浸润型子宫内膜异位症。
卵巢型子宫内膜异位囊肿，根据囊肿大小和异位病灶浸润程度进行分型。
I型：囊肿直径（2cm，囊壁有粘连、解剖层次不清，手术不易剥离。
Ⅱ型：又分为3个亚型。
ⅡA：内膜种植灶表浅,累及卵巢皮质，未达卵巢子宫内膜异位症囊肿壁，常合并功能性囊肿，手术易剥离。
ⅡB：内膜种植灶已累及卵巢子宫内膜异位症囊肿壁，但与卵巢皮质的界限清楚，手术较易剥离。
ⅡC：内膜种植灶穿透卵巢子宫内膜异位症囊肿壁并向周围扩展，囊肿壁与卵巢
皮质粘连紧密，并伴有纤维化或多房腔。囊肿与盆侧壁粘连，体积较大，手术不易剥离。
深部浸润型子宫内膜异位症：深部浸润型子宫内膜异位症( deepinfiltrating endometriosis，DE)是指病灶浸润于宫骶韧带、直肠子宫陷凹、阴道穹隆、直肠阴道隔等处且浸润深度≥5mm。直肠阴道隔深部浸润型子宫内膜异位症包括两种情况，种为假性阴道直肠隔子宫内膜异位症，由于粘连封闭了直肠子宫陷凹，病灶位于粘连下方；另一种为真性直肠阴道隔子宫内膜异位症，即病灶位于腹膜外，在直肠阴道隔内，直肠子宫陷凹无明显解剖异常。
以下表格是子宫内膜异位症分期及生育力的评估。