导致子宫内膜异位症的原因主要有以下几方面：

经血逆流，内膜种植。月经期，经血从宫口、阴道排出人体外是顺流而下，但是有小部分经血或因其他原因夹杂着脱落的子宫内膜碎片，由输卵管道流进入腹腔，种植在盆腔脏器的表层形成子宫内膜异位病灶，这是主要原因。

浆膜上皮，化生内膜。人体在胚胎发育时期，卵巢表面上皮、腹膜、阴道直肠膈、脐部均由体腔上皮化生而来，这些组织在性腺激素、炎症、机械因素的刺激下能够转化，形成另一种组织，同样可以化生为子宫内膜，因为不在宫腔，就成了异位的内膜。

血液淋巴，良性转移。这是一种较为罕见的发病原因。出现在肺部、脑膜、心包、四肢及其他远端的子宫内膜异位症，是通过血液循环或淋巴系统将子宫内膜碎屑转移停留在某脏器或组织上而发病。

医源性的内膜移植。这是一种人为造成的使子宫内膜移植到某些部位，多见于剖腹产术，早期中期妊娠行刮宫术，分娩时行会阴侧切术，人工流产术等过程中。因宫腔血液中含有内膜而被种植于腹腔、腹壁、会阴等处。

免疫防御功能缺陷。随经血逆流至腹腔的子宫内膜，如同一种异物，会激活身体内的免疫系统，动员出大量的免疫细胞及体液围歼消除，假如体内免疫功能缺陷，就会发展成为子宫内膜异位症。

内分泌功能失调。异位的子宫内膜，无论来源如何，其生长变化均与卵巢内分泌有关，雌激素能促进生长，孕激素能使其抑制，临床发现大多数患者，孕激素缺乏，因此助长了本病的发生发展。

遗传与体质的因素。临床观察发现，有家族病史的人患此病居多。体质因素中如肥胖、超重、身长过高等亦有一定关系。