上海交通大学医学院附属仁济医院近年来，医院申请到的科研项目及专利逐年递增，包括国家级的973计划、863计划、国家自然基金(重大、重点)项目等，其中2013年科研经费达1.48亿元。

医院还获得多项国家科技进步奖、中华医学科技奖、高等学校科技进步奖等;先后共有几百人次入围各级人才培养计划，包括973首席科学家、长江特聘教授、卫生部有突出贡献中青年专家、国家杰出青年、上海市领军人才等。医院与美国、加拿大、法国、比利时、德国等近十个国家的二十多所医学院校建立了学术交流和友好合作关系。