厦门大学附属第一医院已获各级课题资助，包括国家“863”和“973”子课题、国家自然科学基金、国家“十一五”科技支撑计划等国家级课题。获省部级、市各级科技进步奖，包括教育部科技进步一等奖、解放军科技进步二等奖、省科技进步二等奖、厦门市科技进步一等奖等。2014年，发表SCI论文突破百篇。2016年全院共申报各类科研项目203项(其中国科金申报100项)，获得各级各类科研项目共68项，资助经费1012万元。其中获得国家自然科学基金18项;首次获得国家自然科学基金海峡联合基金项目，资助经费215万元;打破了厦门医疗机构年度国家自然科学基金立项数历史纪录，位居全省前列。2016年已发表SCI文章129篇，获得发明专利两项。其中JCR分区1区论文24篇。糖尿病医院的“运动干预与脂肪肝”研究结果今年发表于国际顶尖杂志《美国医学会内科杂志》，SCI影响因子高达14分，创下我市卫生系统SCI学术论文影响因子最高分。

已建设省、市级科研平台11个，包括福建省糖尿病转化医学重点实验室、福建省糖尿病中医药重点研究室2个省级平台、厦门市代谢性疾病系统生物学研究平台、厦门市现代病理诊断中心、厦门市心脏电生理重点实验室、厦门市风湿免疫重点实验室、厦门市肿瘤早期诊疗重点实验室、厦门市胸部疾病重点实验室、厦门市脑科中心重点实验室、厦门市泌尿系肿瘤和结石重点实验室、厦门市乳腺肿瘤重点实验室9个市级科研平台。6个科研所获批厦门大学院级科研平台，分别为厦门大学医学院肺癌研究所、厦门大学医学院自身免疫研究所、厦门大学医学院儿童医学研究所、厦门大学医学院血液病研究所、厦门大学医学院心律失常与心脏电生理研究所、厦门大学医学院神经外科研究所。截至2017年底，拥有1个省级重点实验室，6个厦门市重点实验室，6个厦门大学院级科研平台。

医院设有中心实验室、风湿免疫实验室、生物样本库、心脏介入研究室、高血压研究室、显微外科研究室、神经病学研究室、肿瘤研究室等20多个临床研究室，厦门市重大科技创新平台——代谢性疾病等系统生物学研究平台。此外，与厦门大学共建“福建省神经系统疾病重点实验室”、“厦门市代谢性疾病重点实验室”等研究机构。2006年通过国家审批，设立福建省地市级医院首家博士后工作站，培养博士后30余名。共有心血管、内分泌、神经内科、神经外科、肾病、风湿免疫、医学影像(核医学)、糖尿病等20个专业获得国家药物临床试验资格，是福建省获批专业最多，也是厦门市最早一家获得国家药物临床试验资格的机构。2013年获得卫计委临床药师规培基地，成为闽西南首家承担三级医院临床药师1年期规培的医院。2010年，检验科顺利通过中国合格评定国家认可委员会(CNAS)评审，成为福建省首家获得国际标准ISO15189医学实验室质量与能力认可的医学实验室。