南方医科大学珠江医院医院设有预防保健科、内科、外科、烧伤科、妇产科、妇女保健科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、医疗美容科、精神科、传染科、肿瘤科、急诊医学科、康复医学科、麻醉科、重症医学科、医学检验科、中西医结合科等临床和医技科室。

其中，儿科、神经外科为国家临床重点专科，骨科为国家重点培育学科，中医科为国家中医药管理局重点学科，心血管内科、骨科、妇科、新生儿科、重症医学科、神经外科、儿科重症、神经内科、内分泌科、普通外科、泌尿外科、检验医学科、儿科、胸心外科、肾内科、消化内科、医学影像科、肿瘤科、眼科、临床护理、康复医学科、呼吸内科、血液内科为广东省临床重点专科。