寻找到少精子症的病因并采取相应的治疗措施是关键。对于精索静脉曲张引起者，通过精索静脉高位结扎术，可使30%-50%因精索静脉曲张引起的少精子症者妻子获得怀孕。

生殖道感染是引起少精子症的另一常见原因，无论是睾丸炎、附睾炎还是前列腺炎、精囊炎，都可造成睾丸生精功能障碍或部分输精管道的阻塞，使精液中的精子数量减少。应针对不同致病的微生物，如细菌、病毒、滴虫等，采用有效的抗炎治疗。

内分泌功能异常引起的少精子症，常因垂体释放促性腺激素减少引起的性腺功能低下造成，使用人绒毛膜促性腺激素或睾酮及其衍生物治疗，多数患者可以收到良好的效果。

对于自身免疫造成的少精子症，可用免疫抑制剂如可的松及大量维生素C治疗。若少精子症由外因造成，如有毒化学物质、药物、阴囊过热、放射线等，应及早去除这些外因。

对于染色体异常造成的少精子症，目前尚无有效的治疗方法。对于特发性少精子症，多采用综合治疗措施，如联合应用小剂量睾酮、甲状腺素、人绒毛膜促性腺激素、氯荐酚胺、精氨酸及维生素等，但一般效果欠佳。