复旦大学附属妇产科医院医院设有妇科、产科、计划生育科、中西医结合科、新生儿科、宫颈疾病诊疗中心、乳腺科等多个临床科室及上海市中西医结合月经病诊疗中心、上海市女性生殖内分泌疾病诊疗中心、上海市集爱遗传与不育诊疗中心等多个专科诊疗中心。

医院妇产科学科是教育部重点学科、上海市重点学科;妇科和产科双双入选国家临床重点专科建设;中西医结合妇科也被国家中医药管理局列入“十二五”重点专科。医院还承担妇产科学国家精品课程、上海市精品课程的建设任务，并相继成为首批上海市住院医师规培及专培基地之一。2013年度我院妇产科学入选上海市重中之重临床重点学科、2017年我院获市卫计委批准设立上海市女性生殖疾病临床医学中心。

医院拥有上海市女性生殖内分泌相关疾病重点实验室，妇产科研究所，上海市女性生殖疾病临床医学中心等妇产专科应用基础研究平台。近年来先后成为卫生部妇产科医院标准制定单位、卫生部首批内镜诊疗技术培训基地、妇科四级内镜培训基地、卫生部华东地区妇科肿瘤培训中心、卫生部委托的妇科临床路径制订单位。此外，医院还是全国产科麻醉培训基地、上海市妇科临床质控中心、上海市出生缺陷一级预防指导中心，上海市女性生殖内分泌诊疗中心、上海市中西医结合月经病诊疗中心、上海市产前诊断中心等临床诊疗及研究中心;以及拥有国家药物临床试验机构、妇产科组织样本库及临床病例信息资料库等支撑平台。