中山大学附属第一医院科研成果累累，学术成就突出。近五年来，医院承担的各级科研项目呈逐年增长态势，共承担包括“十二五”国家科技计支撑计划(1项)、“863”项目(1项)、“973”课题(4项)、国家杰出青年基金(2项)、国家自然优秀青年基金(1项)、国家自然重点项目(1项)、NSFC-广东省联合重点项目(2项)、科技部国际合作项目(2项)、卫生部行业公益项目(1项)、卫生部临床学科重点项目(4项)等重大及重点课题在内的各级科研项目千余项，立项科研经费近3亿元;共获得国家和省部级科技成果奖项23项，其中国家科技进步二等奖1项、省部级科技奖一等奖3项;共获得专利授权数20项，其中发明专利8项、实用新型专利12项，并成为广东省专利管理试点单位。

学术论文在中国科技论文统计源期刊发表数逐年增加，论文被引用数和SCI收录数位居全国医院前列，尤其是SCI论文发表数更是连创新高，2010年至2014年期间，我院作为第一作者或通讯作者单位发表的SCI收录论文共1500篇，其中2011年医院肾内科科研团队的研究成果收录在国际著名杂志《NatureGenetics》，SCI影响因子为36.37;2013年医院转化医学中心团队成果收录在国际著名杂志《Thelancetoncology》，SCI影响因子为25.1。

目前医院拥有2名长江学者特聘教授、5名珠江学者特聘教授、1名“千人计划”引进人才和4名国家杰出青年基金获得者，并在中华医学会中，拥有前任主任委员1人，主任委员1人，候任主任委员2名，副主任委员5名，各分会常委8名，学组组长2名，学组副组长10名;在广东省医学会中，拥有主任委员15人、副主任委员42人，充分展示了医院在国内、省内学术界的地位和影响力。医院主办和承办有《中华肾脏病杂志》、《中华显微外科杂志》、《中华普通外科学文献(电子版)》、《中国血管外科杂志(电子版)》、《消化肿瘤杂志(电子版)》、《中国神经精神疾病杂志》、《影像医学与介入放射学杂志》和《现代临床护理》8份国内有影响的医学专业杂志，且与澳大利亚、美国、加拿大、日本、荷兰、瑞典等20多个国家的医院建立了学术交流与合作关系，每年主办10多次大型国际性学术会议。