孕酮低的原因有很多，内分泌功能紊乱是最常见的原因之一。另外一种常见的原因就是黄体的内分泌出现异常，还有卵泡发育障碍也会出现孕酮低的情况。

一些疾病也有可能造成孕酮低，患有糖尿病的孕妇容易孕酮低，另外患有原发性高血压、卵巢颗粒层膜细胞瘤、先天性肾上腺增生、先天性17a-羟化酶缺乏症等疾病的女性也容易孕酮低。

另外，压力过大、饮食不平衡、缺乏锻炼等都可能会导致黄体酮分泌不足。